Como con cualquier fuente de la fibra, la linaza no debería ser tomada si hay posibilidad obstrución intestinal. Las personas que padecen de scleroderma (esclerosis sistémica) debería consultar a un doctor antes de usar la linaza. Aunque una introducción gradual de la fibra en la dieta pueda mejorar síntomas de intestino en algunos casos, hubo informes de personas con scleroderma que desarrolaron estreñimiento severo y hasta obstrucción intestinal después de la suplementación de fibra.
Investigaciones con animales sugieren que grandes cantidades de la linaza o lignanos consumidos durante el embarazo pudieran afectar negativamente el desarrollo del sistema reproductivo en el feto, sin embargo ningun estudio se ha llevado a cabo para determinar si esto pudiera ser un problema en humanos.
Algunas reacciones alérgicas a la linaza de vez en cuando han sido relatadas, pero son muy poco comunes.
Como con cualquier otro mucilago, la absorción de otras medicinas puede ser negativamente afectada. En este caso procure consumirla a dirente hora de la que toma el medicamento.
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